Während Jack und Ben in Los Angeles versuchen, die Oceanic Six zusammenzutrommeln um zurück auf die Insel zu gelangen, versinkt diese im Chaos, denn die Insel hat jegliches Zeitgefühl verloren.

Nachdem Sayid Hurley zu seiner eigenen Sicherheit aus der Anstalt befreit hat, bringen deren Verfolger sie in einer missliche Situation. Hurley kennt schließlich nur noch einen Ausweg: Er taucht bei seinen Eltern unter.

Daniel hat Desmond in der Vergangenheit eine Botschaft übermittelt, weshalb der Schotte gemeinsam mit Penny nach Oxford aufbricht, um dort Daniels Mutter zu finden und somit alle auf der Insel zu retten.

Kate versucht verzweifelt herauszufinden, wer ihr Aaron wegnehmen möchte. Auch auf der Insel haben die Überlebenden mit Problemen zu kämpfen: Charlotte ist beim letzten Zeitsprung ohnmächtig geworden, und die Krankheit scheint sich auszubreiten...

Nachdem Jin auf der Insel wieder erwacht ist und Bekanntschaft mit Rousseaus Team gemacht hat, versucht er nach der Wiedervereinigung mit den anderen Überlebenden, zur Orchidee zu gelangen. Dort, wo die Zeitsprünge angefangen haben...

Eloise Hawking erklärt Jack, Ben und Sun wie sie auf die Insel zurückkehren können. Während Jack alles dafür vorbereitet, scheinen die restlichen Oceanic 6 von diesem Vorhaben fernab zu sein.

John Locke hat das "Frozen Donkey Wheel" gedreht und ist wieder auf dem Festland. Mit Hilfe von Widmore versucht er, die Oceanic 6 davon zu überzeugen, wieder auf die Insel zurückzukehren.

Nachdem Locke die Insel verlassen hat, haben die willkürlichen Zeitsprünge aufgehört. Während die restlichen Überlebenden auf Rettung warten, müssen sie versuchen, sich in der Vergangenheit einzuleben.

Jack, Kate und Hurley sind wieder auf der Insel, und nun liegt es an Sawyer, sie in die Dharma Initiative zu integrieren. In der Gegenwart suchen Frank und Sun nach Antworten auf den Verbleib ihrer Freunde.

Die Mitglieder der Dharma Initiative stehen vor einer schweren Entscheidung, als Sayid im Dschungel aufgegriffen wird und über sein Schicksal als "Feind" entschieden werden muss.

Juliet und Kate versuchen verzweifelt das Leben des jungen Ben zu retten. Um die ihnen bekannte Zeitlinie zu wahren, müssen sie dabei auf die Hilfe eines alten Bekannten vertrauen.

Nachdem Ben wieder auf die Insel gekommen ist, macht er sich mit Locke auf den Weg zum Tempel, um wegen seiner Sünden vom Rauchmonster gerichtet zu werden.

Als Hurley unfreiwillig davon erfährt, dass Miles eine Leiche zwischen zwei Stationen transportieren muss, ist er fest dazu entschlossen, Miles mit seinem verschollenen Vater wiederzuvereinen, der sich ebenfalls auf der Insel befindet.

Daniel ist aus Ann Arbor zurück und widerlegt seine eigenen Theorien über Zeitreisen. Er muss schleunigst seine Mutter im Camp der Anderen finden, um das drohende Unheil abzuwenden...

Nach einem Schicksalsschlag im Jahr 1977, arbeiten Jack und Kate mit Eloise und Richard zusammen, um Daniels Plan, die Wasserstoffbombe detonieren zu lassen, zu beenden. Locke nimmt unterdessen seinen Platz als Anführer ein.

Während Jack und Sayid alles vorbereiten, die Wasserstoffbombe zu zünden, offenbart Locke Richard seine wahren Absichten über den bevorstehenden Besuch bei Jacob.

Die Gruppen der Gegenwart treffen am Fuße der Statue aufeinander und erfahren von Lockes Geheimnis. 30 Jahre davor spitzt sich die Situation an der Bunker-Baustelle dramatisch zu, als Jack versucht, mit der Bombe die Zeitlinie zu ändern.